На инженерно-экономическом факультете функционирует аспирантура по направлению 38.06.01 – Экономика, программа Экономика и управление народным хозяйством (специализации: экономика, организация и управление предприятиями, отраслями, комплексами) (строительство и сфера услуг), с 2002 г. открыта докторантура.

В рамках данного направления исследуются экономические системы, их генезис, формирование, развитие, прогнозирование. Разграничительным признаком программы  «Экономика и управление народным хозяйством» по отношению к другим экономическим направлениям является изучение экономических систем в качестве объектов управления. Объектом исследования могут служить экономические системы различного масштаба, уровня, сфер действия, форм собственности.

Составной частью направления являются теоретические и методологические принципы, методы и способы управления этими системами, а также институциональные и инфраструктурные аспекты развития экономических систем. Важной составной частью являются различные аспекты изучения субъектов управления экономическими системами (государственные, транснациональные, региональные, корпоративные управленческие структуры, а также менеджеры как субъекты управления).

Предметом исследования данной программы являются управленческие отношения, возникающие в процессе формирования, развития (стабилизации) и разрушения экономических систем. Существенным отличительным признаком программы является исследование экономических систем исключительно в управленческом аспекте.

На сегодняшний день в аспирантуре обучаются свыше 50 аспирантов и соискателей ученой степени кандидата экономических наук из числа сотрудников и выпускников университета, а также других вузов и ряда профильных организаций республики. Работу над докторскими диссертациями завершают 12 докторантов и соискателей ученой степени доктора экономических наук, в том числе 5 преподавателей Даггостехуниверситета.

Приказом ВАК России №125-в от 27.04.95 г. на факультете был организован диссертационный совет по защите кандидатских диссертаций К064.53.02. Сложное геополитическое положение Республики Дагестан и потребность в специалистах высшей квалификации в области экономики и управления народным хозяйством обусловило объективную необходимость в открытии диссертационного совета по защите диссертаций на соискание ученой степени доктора экономических наук. Приказом ВАК России № 30-в от 23 января 2004 г. был создан диссертационный совет по защите докторских диссертаций Д212.052.01. За время работы диссертационного Совета в нем было защищено свыше 200 докторских и кандидатских диссертаций.

Научной работой докторантов, аспирантов и соискателей руководят ведущие преподаватели вуза – доктора экономических наук, профессоры Магомедов Aрбули Гунашевич, Колыванов Bиктор Юрьевич, Петросянц Виктор Завенович, Дохолян Сергей Владимирович, Алиев Магомед Абдуллаевич, Магомедов Расул Магомедович, Давыдов Валерий Годович, Исалова Маржанат Нуруллаевна, Шабанова Мадина Мухидиновна, Магомедова Мадина Маликовна, Гафуров Игорь Абдулгафурович, Абдулгалимов Абдулгалим Минхаджевич, Халимбеков Хаджимурад Зиявутдинович. Многие из аспирантов и докторантов привлекаются к преподавательской работе на кафедре, приобретая опыт практической работы со студентами.